يكنى أبا الحسن و أبا الحسين و كان الحسن في حياة رسول الله صلى‏الله‏عليه‏ وآله يدعوه أبا الحسين و الحسين يدعوه أبا الحسن و يدعوان رسول الله صلى‏الله‏عليه‏ وآله أباهما فلما توفي النبي صلى‏الله‏عليه‏ وآله دعوا عليا أباهما.و كان يكنى أيضا بأبي تراب كناه به رسول الله صلى‏الله‏عليه‏ وآله ففي الإستيعاب بسنده قيل لسهل ابن سعد إن أمير المدينة يريد أن يبعث إليك لتسب عليا عند المنبر قال كيف أقول قال تقول أبا تراب فقال و الله ما سماه بذلك إلا رسول الله صلى‏الله‏عليه‏ وآله قال و كيف ذلك يا أبا العباس قال دخل على فاطمة ثم خرج من عندها فاضطجع في صحن المسجد فدخل رسول الله صلى‏الله‏عليه‏ وآله على فاطمة فقال أين ابن عمك قالت هو ذاك مضطجع في المسجد فوجده قد سقط رداؤه عن ظهره و خلص التراب إلى ظهره فجعل يمسح التراب عن ظهره و يقول اجلس أبا تراب فو الله ما سماه به إلا رسول الله صلى‏الله‏عليه‏ وآله و الله ما كان اسم أحب إليه منه .